โรงเรียนอนุบาลเพ็ญจันทร์ จัดตั้งเมื่อวันที่ 1 พฤษภาคม 2533 เดิมเป็นสถานรับเลี้ยงเด็กเพ็ญจันทร์
เนิร์สเซอร์รี่และย้ายมาตั้งอยู่เลขที่ 372 หมู่ 4 ถนนเดื่อเจริญ ตำบลวานรนิวาส อำเภอวานรนิวาส จังหวัดสกลนคร เนื้อที่ ประมาณ 3 ไร่ ผู้ก่อตั้งคือ นางเพ็ญจันทร์ อุปพงษ์ปัจจุบันดำรงตำแหน่ง
ผู้อำนวยการและผู้รับใบอนุญาต รวมทั้งเป็นผู้รับใบอนุญาตและผู้จัดการโรงเรียนอนุบาลเพ็ญจันทร์
บ้านม่วงด้วยและได้รับใบอนุญาตให้รับนักเรียนเพิ่มเติมจาก 60 คน เป็น 120 คน จำนวน 3 ห้องเรียน
เมื่อ พ.ศ. 2534

พ.ศ. 2536 ได้รับอนุญาตต่อเติมอาคารเรียน รับนักเรียนเพิ่มจำนวน 3 ห้องเรียน มีนักเรียน 226 คน และใน
พ.ศ. 2541 ได้ขออนุญาตขยายหลักสูตร และเปิดรับนักเรียนระดับประถมศึกษา พร้อมกับได้ก่อสร้าง
อาคารเรียนคอนกรีตสองชั้น จำนวน 14 ห้องเรียน ต่อมาในปี พ.ศ. 2543 ได้รับใบอนุญาตให้ขยาย
ชั้นเรียนชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 ถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ 6 จำนวน 6 ห้องเรียน และรับนักเรียนเพิ่ม
ห้องเรียนละ 40 คน เป็นระดับก่อนประถมศึกษา จำนวน 6 ห้องเรียน และระดับประถมศึกษา จำนวน
6 ห้องเรียน มีนักเรียนทั้งสิ้น จำนวน 445 คน
พ.ศ. 2547 ได้ขออนุญาตก่อสร้างอาคารเรียนคอนกรีต 2 ชั้น ประกอบด้วย 6 ห้องเรียนและ ห้องประชุม
อเนกประสงค์ 1 ห้อง ห้องเรียน 12 ห้อง และได้รับอนุญาตให้ขยายชั้นเรียน ครบจำนวน 6 ห้องเรียน
ความจุห้องละ 39 คน รวมความจุทั้งอาคาร 234 คน และได้รับอนุญาตให้จัดการเรียนการสอน
ระดับอนุบาล 8 ห้องเรียนระดับประถมศึกษา 10 ห้องเรียน รวมห้องเรียนจำนวนทั้งหมด 18 ห้อง
รวมความจุนักเรียนสูงสุด 630 คน ตั้งแต่พ.ศ. 2548 เป็นต้นมาจนถึงปัจจุบัน